По умолчанию, при использовании клиент-серверного режима, отладка серверных процедур и функций игнорируется. Отладчик по шагам показывает клиентские процедуры и функции, а серверные перешагивает.
Чтобы включить возможность отладки серверных процедур и функций необходимо выполнить ряд действий:
1. Остановить службу Агент сервера 1С:Предприятие 8.3

2. Открыть системный реестр выполнив команду regedit

- Переходим в ветку [Компьютер\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\1C:Enterprise 8.3 Server Agent (x86-64)]

4. Открываем параметр ImagePath и добавляем значение -debug. Сохраняем изменения.

5. Запускаем службу Агент сервера 1С:Предприятие 8.3. На самом деле службу можно было не останавливать, а просто после корректировки параметра ImagePath ее перезагрузить.Проверяем возможность отладки серверных процедур и функций.
На этом все!